Quinze ans plus tard, le 12 septembre 1935, on ouvrit le cercueil. Tous les assistants furent surpris de voir que le visage de Jacinthe était parfaitement conservé. Ce fait est d'autant plus étonnant que son corps avait été couvert de chaux. Ses restes furent transportés au cimetière de Fatima et, ensuite, le 1er mai 1951, dans la basilique où un deuxième caveau vient d’être préparé à côté du sien dans l’attente de Sœur Lucie, sa cousine tant aimée. François a été transféré dans la basilique en avril 1952.
Le samedi 13 mai 2000, Jean-Paul II a béatifié les deux petits voyants de Fatima, François et Jacinthe Marto, en présence de la troisième voyante encore vivante, leur cousine Lucie, âgée de 93 ans et carmélite à Coimbra, sous le nom de Sœur Marie du Cœur immaculé. C'est la première fois que l'Eglise béatifie des confesseurs non martyrs aussi jeunes, des enfants. Ils sont morts à presque 11 et 9 ans. (Saint Dominique Savio, le plus jeune jusqu'ici des saints non martyrs, avait 15 ans). Cette solennelle béatification a rassemblé plus de 500 000 personnes à la Cova da Iria, sur le lieu des apparitions où se trouve maintenant la basilique et une immense esplanade. Devant l'autel, beaucoup d'enfants portaient les mêmes habits que les petits bergers de l'époque. Pour eux le pape eut un mot spécial et spontané d'affectueuses félicitations et il les exhorta à prier, eux aussi, pour la conversion des pécheurs.
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